Die Bankprüfungskommission ist eine ständige Kommission des Landrats und zählt drei Mitglieder. Sie überwacht die Tätigkeit der Nidwaldner Kantonalbank im Rahmen der kantonalen Gesetzgebung, soweit keine direkte Aufsicht durch die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA) erfolgt. Die Kommission ist berechtigt, Einsicht in die Protokolle des Bankrates zu nehmen, Informationen zur Geschäftspolitik einzuholen und die Berichte der Prüfgesellschaft zu prüfen. Sie erstattet dem Landrat einen zusammenfassenden Bericht zur Ordnungsmässigkeit der Jahresrechnung und der Geschäftsführung. Zudem stellt sie Antrag zur Genehmigung des Geschäftsberichts und zur Entlastung der Bankorgane.