Die Abteilung Rechnungswesen, angesiedelt innerhalb der Finanzverwaltung, ist das finanzielle Rückgrat der kantonalen Verwaltung. Zu den Kernaufgaben gehört die Führung der Finanzbuchhaltung inklusive Kreditoren- und Debitorenbuchhaltung. Darüber hinaus übernimmt das Rechnungswesen wichtige operative Aufgaben wie die Abwicklung des zentralen Zahlungsverkehrs, die Lohnadministration (Payroll), das Mahnwesen, Spesenabrechnungen sowie die Abwicklung von Sonderrechnungen und Spezialfinanzierungen. Als Dienstleister fungiert das Team als fachliche Anlaufstelle für Direktionen, Ämter sowie die Nidwaldner Gemeinden.